一、科目分类不同
1、小叶赤楠
学名轮叶蒲桃，别称小叶赤楠、山乌珠。属桃金娘目、桃金娘科、蒲桃属、轮叶蒲桃种。
2、黄杨
学名黄杨，别称小叶赤楠、山乌珠。属无患子目、黄杨科、黄杨属、黄杨种。
二、形态特征不同
1、小叶赤楠
嫩枝纤细，叶片革质，细小，狭窄长圆形或狭披针形，先端钝或略尖，基部楔形，下面稍浅色，聚伞花序顶生，少花，花白色，萼齿极短，花瓣分离，近圆形，花柱与雄蕊同长。果实球形，5-6月开花。
2、黄杨
枝圆柱形，有纵棱，灰白色，小枝四棱形，全面被短柔毛或外方相对两侧面无毛。叶革质，阔椭圆形、阔倒卵形、卵状椭圆形或长圆形，叶面光亮，中脉凸出，下半段常有微细毛。花序腋生，头状，花密集，蒴果近球形。花期3月，果期5-6月。
小叶赤楠学名轮叶蒲桃，属桃金娘目桃金娘科蒲桃属轮叶蒲桃种；黄杨属无患子目黄杨科黄杨属黄杨种。
小叶赤楠有多次抽梢的习性，自早春起至有冻害发生前，新梢几乎不间断的抽发，因此其嫩叶效果可持续很长一段时间，具有很好的观赏效果，是传统常用的盆景制作材料。黄杨盆景树姿优美，叶小如豆瓣，质厚而有光泽，四季常青，可终年观赏，黄杨不仅可作盆景，还常用于园林和木雕。
比如这个嫩芽呈淡红色的就是红叶赤楠，叶子比较尖，而黄杨新芽一般就是绿色的，叶子顶端比较圆，更厚一点，从枝干上看，赤楠有点干枯的样子，而黄杨则更为饱满沧桑，但树干更皱，这是它们的一个区别。