紫玉兰和红玉兰是不同的植物，它们属于不同的科、属。紫玉兰属于杜鹃花科的紫玉兰属，又称紫花玉兰，主要分布在中国南方的亚热带和热带地区；而红玉兰属于锦葵科的玉兰属，又称红花玉兰，主要分布在中国中部和东部的温带地区。虽然它们都被称为“玉兰”，但是它们的花朵颜色、形态等方面都有很大的差异。
1、接穗不同 ：紫玉兰和红玉兰的区别在于接穗不同，它们是利用白玉兰为砧木，以红玉兰和紫玉兰为芽头进行嫁接繁殖，之后培育出开紫红色花朵的苗木。苗木最大的特点就是先开花后长叶子，而其他苗木则是先长叶子后开花，所有往往是别的苗木还绿色一片时，紫玉兰已经盛开除一片的紫红色花朵。
2、花色不同：此外紫玉兰和红玉兰的区别还在于花色略微不同，砧木紫玉兰的花朵一般外面是紫色或者紫红色，里面会带有一些白色，而红玉兰的花色一般为淡紫褐色。
二者都是木兰科，木兰属的。并且二者都是有六片花瓣，不过白玉兰的花萼花瓣状，所以看起来是有九片花瓣。而红玉兰是白玉兰的变种，比紫玉兰和白玉兰的亲缘关系更近一些。花期不同。
红玉兰：
落叶大灌木，高达3～5米，常丛生。芽有灰褐色细毛；小枝紫褐色。叶倒卵形或椭圆状卵形，长10—18厘米，宽4—10厘米，顶端急尖或渐尖，基部楔形，背面沿脉有柔毛。花先叶开放或很少与叶同时开放，大型，钟状；花萼片3，披针形，淡紫褐色，长2—3厘米；花瓣6，长圆状倒卵形，长8一10厘米，外面紫色或紫红色，内面白色；花丝和心皮紫红色；花住1，顶端尖，微弯。聚合果长圆形，长7—10厘米，淡褐色。花期4—5月。
白玉兰：
白玉兰是落叶乔木，高达25米，径粗可达200厘米，树冠幼时狭卵形，成熟大树则呈宽卵形或松散广卵形。花顶生，前一年秋季形成花芽，先花后叶；花具香气，碧白色，有时基部带红晕，花被片共9枚，花瓣状萼片3枚，花瓣6枚，雌雄蕊多数。玉兰花白如玉，花香似兰，其树型魁伟，高者可超过10米，树冠卵形，大型叶为倒卵形，先端短而突尖，基部楔形，表面有光泽，全市两摔条疏生开展，嫩枝及芽外被短绒毛。花先叶开放，顶生、朵大，直径12～15厘米。花被9片，钟状。花成辐射对称，蔷薇花冠，离生雄蕊，离心皮雌蕊，子房上位。花期在三月份，开放十天左右。