最主要的是一个是木本植物,一个是草本植物.
1、牡丹叶片宽大，叶互生，正面为绿色并略带黄色，无毛的背面有白粉，而芍药则近花处为单叶，叶片正反两面均为浓绿色，而且叶片较密。
2、牡丹的茎为木质，是多年生灌木，相通粗壮繁多，芍药茎为草质、属多年生宿根草本花卉。因此芍药又有“没骨花”之称（宿根花卉，多年生草本，当年秋未、冬初地上部份枯死，地下根茎第二年仍能重新长出新的植株，这种花称为“没骨花”）。
3、牡丹的花都是单朵顶生，花径约20cm左右，有的可达30cm，而芍药则是一朵或数朵顶生或腋生，花型较牡丹小，花较牡丹迟开约一个月，故有“谷雨之朝看牡丹，立夏之朝看芍药”之说
1、花朵区别
牡丹花的花朵生于枝条顶端，多为单生，花茎较长，花型众多单瓣型、荷花型、蔷薇型等。而芍药多为丛生，花茎15厘米左右，花型少于牡丹，两者最根本的区别牡丹能长到2米高的木本植物，而芍药是不会高于1米的草本植物。
2、叶片不同
牡丹花和芍药花在叶片上可以进行区别，牡丹花的叶片较宽先端会开裂，叶色呈现正面绿色反面淡黄色，叶片下表面有白粉，而芍药花的叶片较窄先端是尖的，比牡丹更细长，叶色为黑绿色且茂密、颜色亮，有蜡质光泽。
3、花期不同
两者有着花期上的差异，牡丹花的花期比芍药花要早一些，牡丹花一般在正常环境下养护是在四月份中下旬的时候开花，而芍药花的花期在每年的5月中旬绽放，它们的花期相差了半个月左右，可以说是春开牡丹，夏开芍药。