1、花朵区别
牡丹花的花朵生于枝条顶端，多为单生，花茎较长，花型众多单瓣型、荷花型、蔷薇型等。而芍药多为丛生，花茎15厘米左右，花型少于牡丹，两者最根本的区别牡丹能长到2米高的木本植物，而芍药是不会高于1米的草本植物。
2、叶片不同
牡丹花和芍药花在叶片上可以进行区别，牡丹花的叶片较宽先端会开裂，叶色呈现正面绿色反面淡黄色，叶片下表面有白粉，而芍药花的叶片较窄先端是尖的，比牡丹更细长，叶色为黑绿色且茂密、颜色亮，有蜡质光泽。
3、花期不同
两者有着花期上的差异，牡丹花的花期比芍药花要早一些，牡丹花一般在正常环境下养护是在四月份中下旬的时候开花，而芍药花的花期在每年的5月中旬绽放，它们的花期相差了半个月左右，可以说是春开牡丹，夏开芍药。
两者区别为来源不同。芍药花来源于芍药科，芍药属多年生草本植物。茎高40一70厘米，花期5一6月，果期8月。牡丹花来源于毛茛科多年生落叶灌木。茎高达2米，花期5月，果期6月。
一、果的区别：芍药花的果实扁球形，绿色，成熟后呈橘红色；牡丹花的果实为圆球形，较大，绿色，成熟后为橘黄色。
二、根的区别：芍药花和牡丹花的主根均不发育，支根和须根发达，芍药花的横走根能生根蘖，用以繁殖新株，牡丹花不发生根蘖。