1、牡丹与芍药的茎质不同，牡丹的茎为木质，落叶后地上部分不枯死；芍药的茎为草质，落叶后地上部分枯死。也正因如此，牡丹又叫“木芍药”，芍药又名“没骨花”。
2、 叶片不同，牡丹叶子比芍药要稍长些，牡丹的叶呈黄绿色、略宽、似有毛，芍药的叶呈墨绿色、略窄、有光泽。牡丹的叶片先端常常再分裂，芍药的叶片先端是尖的，不再分裂。 花期不同
3、它们的花期不同，牡丹的花期稍早些，一般园中快开败了和盛开的多数是牡丹，含苞欲放的才是芍药。牡丹盛花期在4月下旬，而芍药的盛花期是5月上旬。
一、从枝干或茎来区分：牡丹是灌木，木质茎，而芍药则是宿根草本，革质
二、从叶子上区分：牡丹叶片宽厚，正面绿色绿色略呈黄色，而芍药叶片狭薄;
三、从花朵上区分：牡丹的花朵着生于花枝顶端，花径一般在20厘米左右;而芍药花单生枝顶或近顶端叶腋花径在15厘米
1、花瓣不同
牡丹和芍药的外形虽然比较相似，但是在花瓣上还是有着细微的差别，牡丹的花瓣形状比较圆润，没有强烈的褶皱感，但是芍药的花瓣是一片紧贴着一片，分布十分紧密，上面有不少的褶皱。
2、叶子区别
牡丹和芍药还能通过叶子进行区分，其中牡丹的叶子表面颜色青翠，背面有一层白粉，舒展开比较肥大，充满富态的感觉，而芍药的叶子又细又长，先端锐尖，正反两面都偏向于浓绿色。
3、枝干差异
牡丹和芍药在枝干形态上也有一定的差异，由于牡丹是木本植物，花朵下面的枝干为木质质感，摸起来具有硬朗且结实的感觉，而芍药属于草本植物，枝干比较细软，整体偏向于柔媚的感觉。
4、花期不同
牡丹和芍药的开花时间也不同，其中牡丹的开花时间为每年5月中旬，此时为最佳观赏期，花语为雍容华贵，而芍药的花期比牡丹早半个月，一般在4月下旬开花，寓意着纯情、美丽。